Hola Pablo.
No he tenido ocasión de querer ejecutar un programa en C++ directamente en el navegador del usuario. Lo que sí se puede hacer es en el servidor ejecutar lo que sea y luego enviar los resultados al navegador; en pocas palabras, hay mucho más por detrás. Por ejemplo, podrías ejecutar el programa con una invocación de un POST con los parámetros desde el cliente al navegador, ejecutar el programa en el servidor con los parámetros recibidos, recoger el resultado y devolverlo al cliente.
También puedes probar algún transpilador de código C++ a Javascript, para poder ejecutarlo en el navegador.