Son dos cosas separadas, a la base de datos o conectas el IDE (el gestor de base de datos) o conectas el programa que estás creando.
Si utilizas Spring podrías crear una conexión con un datasource como:
<bean id="dataSource" class="org.springframework.jdbc.datasource.DriverManagerDataSource">
<property name="driverClassName" value="com.informix.jdbc.IfxDriver"/>
<property name="url" value="jdbc:informix-sqli://00.00.00.00:0000/redev:informixserver=redev"/>
<property name="username" value="${usuario}"/>
<property name="password" value = "${contrasenia}"/>
</bean>
Para Eclipse podrías mirar algún plugin que se conecte con Informix