Los procedimientos almacenados son muy útiles para realizar ciertas gestiones automáticas con los datos.
Tiene bastante que explicar, abajo te dejo algunas páginas de recomendación.
Así lo primero que tienes que saber es que son como "funciones" de cualquier lenguaje de programación. Imagina que quieres crear un procedimiento almacenado que haga una consulta a "Tabla", que filtre por una "Columna" un valor que pasaremos a la función, y seleccione todo "*" el contenido de la tabla:
DELIMITER //
CREATE PROCEDURE nombre_del_procedimiento
(IN parametro_de_entrada CHAR(20))
BEGIN
SELECT * FROM Tabla
WHERE Columna = parametro_de_entrada;
END //
DELIMITER ;
Este procedimiento lo tenemos guardado, y cuando queramos ejecutarlo tan solo tendremos que escribir en la consola:
CALL nombre_del_procedimiento('Valor_a_pasar_al_parametro_de_entrada');
Tienes un tutorial completo de como utilizar MySql (desde la instalación hasta su utilización) en: http://jarroba.com/curso-de-bases-de-datos-con-mysql-parte-i-video-instalacion-del-mysql-server-y-workbench/
Tienes documentación ejemplos de procedimientos almacenados en: https://dev.mysql.com/doc/connector-net/en/connector-net-tutorials-stored-procedures.html