Los módulos de Maven depende para qué lo necesites. Cuando trabajaba con Módulos Maven tenía uno que hacía de Vista (el que tenía los servicios en formato JSON para la comunicación con quien lo necesitase; con Entities tipo JOSN) y un Modelo (el que definía las relaciones con la base de datos con los DAOs etc), y depende de la amplitud del proyecto tenía un tipo Controlador (el que mapeaba los datos que le llegaban a la Vista y lo pasaba al Modelo). Espero que te sirva de ayuda o que te de ideas :)