Tanto CoachDB como MongoDB son NOSQL y almacena en JSON (siendo técnicamente correcto MongoDB almacena en BSON, pero como lo gestiona por dentro, a efectos prácticos es JSON).
Se podría migrar mediante las APIs, mediante un script, por ejemplo con Python.
Por otro lado, para importar JSON a MongoDB, sugiero que eches un vistazo a: https://docs.mongodb.com/manual/reference/program/mongoimport/