Más bien en la parte superior de la pantalla, no queda mal, sobre todo porque se va a ver durante unos segundos. De cualquier manera, también existen otras maneras de avisar al usuario.
Por el color de los pixeles detectas lo que hay en el Activity, no lo que hay encima. Y hacer un teclado es algo bastante gordo como para dedicarle tiempo (al menos que quieras hacer un teclado como tal).
Aún así, el usuario de Android ya están acostumbrados a que los Toast suelen aparecer encima del teclado, por lo que tampoco se van a asustar ;)