Hola Jorge.
Recuerda que MongoDB no es una base de datos relacional, por tanto no debes de utilizar para su documentación un diagrama entidad/relacion. En mi opinión encaja mucho más utilizar un diagrama de clases UML en la que a cada clase le asignes el nombre de la colección y los atributos sean los campos de la colección. Yo en ese caso lo suelo documentar asi ya que se ajusta mucho mejor debido a que en mongo puedes tener documentos embebidos en los documetos o referencias a otros documentos, aunque esto último en Mongo no es muy recomendable el tener referecias a otros documentos.
La verdad que el tema que propones es muy interesante y agradezco mucho que hayas realizado esta pregunta. Si ves otra solución por ahí espero que nos la cuentes.
SL2